病案首页是对病案信息的高度浓缩，能反映整册病案的综合信息。
主要诊断是病案首页的核心，其选择需要遵循国家发布的系列原则:
主要诊断一般是指患者住院的理由，原则上应选择本次住院对患者健康危害最大、消耗医疗资源最多、住院时间最长的疾病诊断。
当今公认的比较先进的医疗付费方式———疾病诊断相关分组(DiagnosisRelatedGroups，DＲG)是按照主要诊断与主要手术操作进行的，主要诊断的正确选择关系到医疗资利用标准化和收费的合理化，以及根据诊医院医疗进行绩效工作的评价，所以主要诊断选择的重要性更加突出。
对死亡病案质控管理过程中发现非手术科室、手术科室及转科病案存在问题各有特点。
非手术科室主要存在的问题：①主要诊断与核心治疗不符，如因大面积脑梗死入院给予溶栓治疗，住院过程中出现肺部感染、消化道出血、多器官功能衰竭等并发症引起的死亡，临床医师填写病案首页不填写脑梗死作为主要诊断却选择了并发症。
②以“查因”入院，入院后诊断已经明确，首页仍以“查因”作主要诊断，如以“发热查因”入院，入院后检查诊断为系统性红斑狼疮予以治疗，并有肺部感染，出院病案首页仍填写发热查因，这是错误的主要诊断。
③治疗过程中出现更严重疾病的情况，患者入院时主要诊断虽然明确，但在治疗过程中出现更严重的疾病，如慢性肾脏病5期病人，治疗过程中出现急性下壁心肌梗塞而必须采取紧急干预予以PCI介入治疗，此时应以急性下壁心肌梗塞作为主要诊断，而不宜选择慢性肾脏病5期。
④主要诊断不精确，如急性心肌梗死，根据心电图及冠脉造影已经确定心梗的部位为前壁或下壁，且病历中有具体部位的描述，病案首页主要诊断仍笼统地填写急性心肌梗死，而应该填写急性前壁心肌梗塞或急性下壁心肌梗塞。
⑤主要诊断使用“大帽子”诊断问题，如患者有冠心病、急性前壁心肌梗塞，医生错误地把冠心病作为主要诊断，此时应该选择急性前壁心肌梗塞作为主要诊断。
⑥少数医生以疾病的终末状态作为主要诊断，如呼吸循环衰竭或心跳骤停等。
手术科室主要存在的问题①急诊手术后出现合并症或并发症死亡患者，可以以手术为目的的疾病或合并症作为主要诊断，此时主要诊断选择一般无错误出现。但有时医生会错误地选择“终末状态”作为主要诊断，如脑出血患者行手术后死亡应以脑出血作为主要诊断，但发现有以“中枢性呼吸循环衰竭”作为主要诊断的情况。
②择期手术患者术后出现合并症或并发症死亡患者，主要诊断容易选择错误，表现为以下几个方面:择期手术患者术后死亡，应以手术目的疾病作为主要诊断，但质控中发现有选择并发症作为主要诊断的情况。以切除肿瘤为目的的择期手术，患者术后死亡，主要诊断应该选择“肿瘤”，而有的医生却错误地选择并发症或合并症作为主要诊断。
转科患者病案主要存在的问题转科患者往往存在多种疾病，转出科室和转入科室治疗重心不同，出院科室在选择主要诊断时应考虑住院全程诊疗而不应局限于本科室治疗的疾病。
①有手术操作的病案首页主要诊断选择以手术的疾病作主要诊断，如患者因急性心肌梗塞收入心内科施冠状动脉支架植入术，同时患者有慢性阻塞性肺病伴肺部感染，术后患者转入呼吸科治疗，由呼吸科出院。主要诊断应选择急性心肌梗塞，但病案首页错误地选择了慢性阻塞性肺病伴肺部感染。
②以初次发现恶性肿瘤为目的入院治疗，病案首页选择恶性肿瘤为主要诊断，如患者以贫血入院，经骨髓检查诊断为急性淋巴细胞性白血病，给予化疗。
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